{ "_id": "6a1ad2d91d7bb097a09e3229", "Package": "DriverNet", "Type": "Package", "Title": "Drivernet: uncovering somatic driver mutations modulating\ntranscriptional networks in cancer", "Version": "1.53.0", "Date": "2012-03-21", "Author": "Ali Bashashati, Reza Haffari, Jiarui Ding, Gavin Ha, Kenneth\nLiu, Jamie Rosner and Sohrab Shah", "Maintainer": "Jiarui Ding ", "Description": "DriverNet is a package to predict functional important\ndriver genes in cancer by integrating genome data (mutation and\ncopy number variation data) and transcriptome data (gene\nexpression data). The different kinds of data are combined by\nan influence graph, which is a gene-gene interaction network\ndeduced from pathway data. A greedy algorithm is used to find\nthe possible driver genes, which may mutated in a larger number\nof patients and these mutations will push the gene expression\nvalues of the connected genes to some extreme values.", "License": "GPL-3", "LazyLoad": "yes", "biocViews": "Network", "Repository": "https://bioc.r-universe.dev", "Date/Publication": "2026-04-28 12:37:07 UTC", "RemoteUrl": "https://github.com/bioc/DriverNet", "RemoteRef": "HEAD", "RemoteSha": "31b204b44392329ded43a2b70707410254e3ae58", "NeedsCompilation": "no", "Packaged": { "Date": "2026-05-30 08:35:53 UTC", "User": "root" }, "MD5sum": "389df7a9a3668c7115afca20b7511614", "_user": "bioc", "_type": "src", "_file": "DriverNet_1.53.0.tar.gz", "_fileid": "4de8269d2308174c5ccaf342be6d8161f989f81181de5dc32343332e3d20cc8d", "_filesize": 1291218, "_sha256": "4de8269d2308174c5ccaf342be6d8161f989f81181de5dc32343332e3d20cc8d", "_created": "2026-05-30T08:35:53.000Z", "_published": "2026-05-30T12:06:49.784Z", "_jobs": [ { "job": 78636968198, "time": 133, "config": "bioc-checks", "r": "4.6.0", "check": "ERROR", "artifact": "7306883926" }, { "job": 78636968202, "time": 176, "config": "linux-devel-x86_64", "r": "4.7.0", "check": "NOTE", "artifact": "7306888214" }, { "job": 78636968205, "time": 223, "config": "linux-release-x86_64", "r": "4.6.0", "check": "NOTE", "artifact": "7306892594" }, { "job": 78636968203, "time": 89, "config": "macos-oldrel-arm64", "r": "4.5.3", "check": "NOTE", "artifact": "7308046152" }, { "job": 78636968199, "time": 111, "config": "macos-release-arm64", "r": "4.6.0", "check": "NOTE", "artifact": "7308047762" }, { "job": 78636836317, "time": 161, "config": "source", "r": "4.6.0", "check": "OK", "artifact": "7306871260" }, { "job": 78636968201, "time": 85, "config": "wasm-release", "r": "4.6.0", "check": "OK", "artifact": "7306879397" }, { "job": 78636968208, "time": 118, "config": "windows-devel", "r": "4.7.0", "check": "NOTE", "artifact": "7306882720" }, { "job": 78636968213, "time": 93, "config": "windows-oldrel", "r": "4.5.3", "check": "NOTE", "artifact": "7306880229" }, { "job": 78636968209, "time": 97, "config": "windows-release", "r": "4.6.0", "check": "NOTE", "artifact": "7306880668" } ], "_bioccheck": { "error": 3, "warning": 4, "note": 15 }, "_buildurl": "https://github.com/r-universe/bioc/actions/runs/26679335315", "_status": "success", "_host": "GitHub-Actions", "_upstream": "https://github.com/bioc/DriverNet", "_commit": { "id": "31b204b44392329ded43a2b70707410254e3ae58", "author": "A Wokaty ", "committer": "A Wokaty ", "message": "bump x.y.z version to odd y following creation of RELEASE_3_23 branch\n", "time": 1777379827 }, "_maintainer": { "name": "Jiarui Ding", "email": "jiaruid@cs.ubc.ca" }, "_distro": "noble", "_registered": true, "_dependencies": [ { "package": "R", "version": ">= 2.10", "role": "Depends" }, { "package": "methods", "role": "Depends" } ], "_owner": "bioc", "_selfowned": true, "_usedby": 0, "_updates": [ { "week": "2025-44", "n": 2 }, { "week": "2026-18", "n": 2 } ], "_tags": [], "_bioc": [ { "branch": "devel", "version": "1.53.0", "bioc": "3.24" }, { "branch": "release", "version": "1.52.0", "bioc": "3.23" } ], "_topics": [ "network" ], "_userbio": { "uuid": 2286807, "type": "organization", "name": "Bioconductor", "description": "Software for the analysis and comprehension of high-throughput genomic data" }, "_downloads": { "count": 402, "source": "https://www.bioconductor.org/packages/stats/bioc/DriverNet" }, "_mentions": 41, "_searchresults": 11, "_rbuild": "4.6.0", "_assets": [ "extra/citation.cff", "extra/citation.html", "extra/citation.json", "extra/citation.txt", "extra/contents.json", "extra/DriverNet.html", "manual.pdf" ], "_realowner": "bioc", "_cranurl": false, "_exports": [ "actualEvents", "computeDrivers", "computeRandomizedResult", "drivers", "getPatientOutlierMatrix", "preprocessMatrices", "resultSummary", "totalEvents" ], "_datasets": [ { "name": "sampleDriversList", "title": "Sample DriverNet result", "object": "sampleDriversList", "file": "sampleDriversList.rda", "class": [ "DriverNetResult" ], "fields": [], "table": false, "tojson": false }, { "name": "sampleGeneNames", "title": "Sample gene names", "object": "sampleGeneNames", "file": "sampleGeneNames.rda", "class": [ "factor" ], "fields": [], "table": false, "tojson": true }, { "name": "sampleInfluenceGraph", "title": "Sample influence graph", "object": "sampleInfluenceGraph", "file": "sampleInfluenceGraph.rda", "class": [ "matrix", "array" ], "fields": [ "ABCC4", "AOC3", "APBB1IP", "APC", "ATM", "ATP6V1E1", "ATR", "BRCA2", "BTK", "CAST", "CBL", "CHEK2", "COL11A1", "COL3A1", "COL5A1", "CSF3R", "CSNK1E", "CYP27B1", "DDIT3", "DES", "DGKD", "DOCK1", "DTX3", "EGFR", "EPHA3", "EPHA6", "EPHA8", "EPHB1", "ETNK2", "F13A1", "FBXW7", "FGFR1", "FN1", "FOXO3", "GARNL3", "GDF10", "GLI1", "GNAI1", "GSTM5", "HCK", "HLA-E", "HSPA8", "ID3", "INHBE", "IRAK3", "ITGAL", "ITGB2", "ITGB3", "KIT", "KPNA2", "KTN1", "LAMP1", "MAG", "MAP3K6", "MAPK8IP2", "MAPK8IP3", "MAPK9", "MDM2", "MDM4", "MET", "MTAP", "MYCN", "MYLK2", "MYST4", "NRXN3", "OR5P2", "PDGFRA", "PDPK1", "PHLPP", "PIK3C2A", "PIK3C2B", "PIK3C2G", "PPP2R5D", "PRKCA", "PRKD2", "PSMD13", "PTEN", "PTK2B", "RB1", "RUNX1T1", "RYR3", "SLC25A13", "SLC2A2", "SLIT2", "SMAD4", "SPARC", "SPDEF", "SPN", "TAOK3", "TAS1R1", "TBK1", "TGFBR2", "TNC", "TP53", "TRIM3", "TRIP6", "VLDLR", "ABCA13", "ABI1", "ADSSL1", "ALDH1A3", "ANXA1", "ATP1A2", "BCAR1", "CCK", "CCT2", "CD46", "CDH1", "CDKN2A", "CHAT", "CHEK1", "CHRNA3", "CLOCK", "CNTFR", "COL1A1", "CSF1R", "CTDSP2", "CXCL3", "CYP1B1", "DCN", "DLL3", "EP300", "EP400", "EPHA2", "EPHA7", "EPHB4", "EPHB6", "ERBB3", "EXOC1", "FGFR4", "FLT1", "FLT3", "GAS6", "GLI3", "GNAS", "GRLF1", "GRM1", "GYPA", "HGF", "HSP90AA1", "HTR2A", "IFNA21", "ILK", "INSR", "IQGAP1", "ITPR3", "JAG1", "KCNJ16", "KDR", "LRRC4C", "MAN1A1", "MAPK13", "MMP15", "MSH6", "NEFL", "NMBR", "NME7", "NOTCH4", "NTRK2", "PAK7", "PAPPA2", "PDGFRB", "PDK2", "PIK3CA", "PIK3CG", "PIM1", "PMS2", "POU2F1", "PRKCD", "PRNP", "PTCH1", "PTPRZ1", "RAP2A", "ROR2", "RPS6KA3", "SFRP1", "SHH", "SLC16A1", "SNX13", "ST6GAL1", "STAT1", "TAF1", "TCF12", "TEK", "THBS1", "TNFRSF10A", "TNFRSF11B", "TRIM24", "TUSC3", "UNG", "USF1", "WNT2", "A2M", "ABCA1", "ADAM12", "AIFM1", "ARNT", "BAMBI", "BCR", "CAPN3", "CDH23", "CDKN2C", "CENPF", "CHRNA1", "COL1A2", "COL4A1", "COL6A2", "COL6A3", "CTNNB1", "CTSH", "CYLD", "CYP3A4", "DGKZ", "DMBT1", "DSG1", "DSG2", "DSP", "DST", "EPHA4", "ERBB2", "ESR2", "FGFR2", "FGFR3", "FRAP1", "FRZB", "FURIN", "GATA3", "GRM5", "GYPC", "HIPK2", "ICA1", "IDH1", "IQSEC3", "IRS1", "KALRN", "KRAS", "LATS2", "LDHA", "LYN", "MADD", "MAGEA1", "MAPK7", "MLH1", "MME", "MSH2", "NBN", "NDUFA10", "NF1", "NOS3", "NOTCH1", "NTRK1", "NTRK3", "OSMR", "PAPSS2", "PAX5", "PGR", "PIK3R1", "PML", "PRF1", "PRKDC", "PRSS1", "PTPN11", "RELN", "RET", "RGS4", "RPN1", "SEMA3B", "SOCS1", "SRGAP1", "STK36", "TERT", "TNFRSF1B", "TNFRSF25", "TOP1", "TRRAP", "TSC1", "TSC2", "VAV2", "C1QA", "C1QC", "C1QB", "EPHB2", "AOF2", "AHCYL1", "PMF1", "SMG5", "CCT3", "MEF2D", "IQGAP3", "CACNA1S", "PKP1", "ADORA1", "CHIT1", "ATP2B4", "SNRPE", "REN", "KISS1", "NFASC", "CNTN2", "RGS7", "FH", "KMO", "EXO1", "SDCCAG8", "AKT3", "ADSS", "TAF1B", "KLF11", "RRM2", "ODC1", "ATP6V1C2", "PDIA6", "ROCK2", "NTSR2", "LAPTM4A", "SDC1", "RHOB", "SPTBN1", "GALNT13", "TBL1XR1", "KCNMB2", "ZMAT3", "KCNMB3", "GNB4", "ACTL6A", "NDUFB5", "MCCC1", "LAMP3", "B3GNT5", "ABCC5", "EIF2B5", "DVL3", "AP2M1", "ALG3", "ECE2", "PSMD2", "EIF4G1", "POLR2H", "THPO", "CHRD", "EPHB3", "EHHADH", "MAP3K13", "SENP2", "ETV5", "DGKG", "DNAJB11", "AHSG", "HRG", "KNG1", "EIF4A2", "RFC4", "ADIPOQ", "MASP1", "SST", "BCL6", "LPP", "FGF12", "HES1", "GP5", "PCYT1A", "PIGX", "PAK2", "NCBP2", "PIGZ", "DLG1", "BDH1", "RPL35A", "SGCB", "CEP135", "PPAT", "PAICS", "SRP72", "REST", "POLR2B", "TMSL3", "DKK2", "PAPSS1", "SGMS2", "CYP2U1", "HADH", "LEF1", "NDST3", "FKBP5", "CLPS", "MAPK14", "ETV7", "SFRS3", "CDKN1A", "PPIL1", "FGD2", "DNAH8", "GLP1R", "CCND3", "GUCA1A", "GUCA1B", "TBCC", "PDSS2", "SEC63", "NR2E1", "CD164", "SMPD2", "WASF1", "CDC40", "DDO", "AMD1", "REV3L", "PAPOLB", "NDUFA4", "NOD1", "SFRP4", "RALA", "HUS1", "UPP1", "IKZF1", "GRB10", "SEC61G", "PSPH", "CCT6A", "PHKG1", "WBSCR17", "RFC2", "MAGI2", "CD36", "SEMA3C", "CYP51A1", "PEX1", "CDK6", "SMURF1", "CFTR", "WNT16", "METTL2B", "FLNC", "ATP6V1F", "IRF5", "EXOC4", "PRSS2", "TPK1", "CA8", "CDH17", "RAD54B", "TG", "BMPR1A", "EIF3F", "TUB", "KIF18A", "FSHB", "IMMP1L", "PAX6", "WT1", "DEPDC7", "CSTF3", "TRAF6", "RAG1", "RAG2", "ME3", "FZD4", "CTSC", "NOX4", "ATP5L", "ARCN1", "TREH", "DDX6", "TRAPPC4", "HYOU1", "HMBS", "H2AFX", "DPAGT1", "ABCG4", "NLRX1", "USP2", "THY1", "PVRL1", "ARHGEF12", "GRIK4", "SC5DL", "CRTAM", "CACNA1C", "CCND2", "PRICKLE1", "IRAK4", "COL2A1", "SENP1", "PFKM", "OR10AD1", "OR8S1", "LALBA", "CCNT1", "ADCY6", "CACNB3", "SMARCD1", "GPD1", "LIMA1", "BIN2", "GALNT6", "ACVRL1", "ACVR1B", "GRASP", "NR4A1", "ITGA5", "NCKAP1L", "PDE1B", "PPP1R1A", "OR9K2", "OR10A7", "OR6C4", "OR10P1", "ITGA7", "BLOC1S1", "RDH5", "CD63", "GDF11", "SHMT2", "NDUFA4L2", "INHBC", "ARHGAP9", "MARS", "DCTN2", "PIP4K2C", "B4GALNT1", "OS9", "CDK4", "SLC16A7", "AVPR1A", "GNS", "WIF1", "IFNG", "IL26", "IL22", "RAP1B", "NUP107", "LYZ", "FRS2", "CNOT2", "KCNMB4", "PTPRB", "PTPRR", "TPH2", "CEP290", "AMDHD1", "HAL", "LTA4H", "SLC10A2", "TFDP1", "ATP4B", "RHOJ", "AKT1", "OR4N4", "OR4M2", "NFATC1", "CTDP1", "TXNL4A", "CREB3L3", "EBI3", "SH3GL1", "CHAF1A", "CCNE1", "ALG12", "MLC1", "PANX2", "TUBGCP6", "HDAC10", "MAPK12", "ISG15", "AGRN", "TNFRSF18", "TNFRSF4", "B3GALT6", "UBE2J2", "TAS1R3", "DVL1", "AURKAIP1", "CDC2L2", "NADK", "GNB1", "CALML6", "GABRD", "SKI", "PEX10", "PANK4", "HES5", "TNFRSF14", "ARHGEF16", "RPL22", "ACOT7", "PLEKHG5", "VAMP3", "PER3", "TNFRSF9", "PARK7", "ENO1", "CA6", "H6PD", "PIK3CD", "CTNNBIP1", "NMNAT1", "UBE4B", "PGD", "APITD1", "DFFA", "PEX14", "MASP2", "SRM", "EXOSC10", "FBXO2", "FBXO6", "MAD2L2", "MTHFR", "NPPA", "NPPB", "PLOD1", "TNFRSF8", "CASP9", "AGMAT", "SPEN", "ZBTB17", "CLCNKB", "HTR1D", "HNRNPR", "E2F2", "RPL11", "TCEB3", "LYPLA2", "GALE", "HMGCL", "FUCA1", "CNR2", "SRRM1", "RUNX3", "MAN1C1", "WASF2", "FGR", "COL16A1", "PTP4A2", "FAF1", "JAK1", "GSTM2", "GSTM1", "NRXN1", "SPR", "HDAC4", "DAG1", "MST1", "GMPPB", "MST1R", "RBM5", "SEMA3F", "GNAT1", "SLC38A3", "GNAI2", "HYAL3", "HYAL1", "HYAL2", "RASSF1", "CACNA2D2", "PARP3", "ACY1", "DUSP7", "ALAS1", "TLR9", "GLYCTK", "DNAH1", "SEMA3G", "TNNC1", "SPCS1", "RFT1", "TKT", "CLDN1", "CLDN16", "IL1RAP", "EPHA5", "CENPC1", "GNRHR", "UGT2B17", "UGT2B28", "SULT1E1", "CSN2", "STATH", "HTN1", "MUC7", "GRSF1", "DCK", "SLC4A4", "GC", "NPFFR2", "PPP3CA", "NFKB1", "MANBA", "UBE2D3", "BDH2", "CENPE", "TACR3", "CXXC4", "PPA2", "SCYE1", "AMACR", "PRLR", "PPAP2A", "HSP90AB1", "NFKBIE", "AARS2", "PARK2", "PTPRN2", "PSD3", "JAK2", "IFNB1", "IFNW1", "IFNA14", "IFNA7", "IFNA10", "IFNA16", "IFNA17", "IFNA5", "KLHL9", "IFNA6", "IFNA2", "IFNA8", "IFNA1", "CDKN2B", "PLAA", "IFNK", "ACO1", "ABL1", "LAMC3", "WDR5", "RXRA", "GPSM1", "CARD9", "SNAPC4", "INPP5E", "AGPAT2", "PHPT1", "TRAF2", "C8G", "ABCA2", "FUT7", "ENTPD2", "UAP1L1", "MAN1B1", "GRIN1", "ANAPC2", "SSNA1", "TUBB2C", "ENTPD8", "EHMT1", "CACNA1B", "DNAJC1", "GAD2", "PPYR1", "CTNNA3", "LIPF", "ACTA2", "FAS", "CH25H", "LIPA", "PANK1", "LDB1", "NOLC1", "GBF1", "PTPRE", "INPP5A", "TUBGCP2", "ECHS1", "PAOX", "KCNQ1", "OR51A4", "OR51A2", "OR52N5", "FANCF", "GAS2", "OR4P4", "OR4S2", "OR4C6", "RAD52", "ERC1", "WNT5B", "ADIPOR2", "CACNA2D4", "DCP1B", "FGF23", "FGF6", "NDUFA9", "GALNT8", "NTF3", "VWF", "CD9", "TNFRSF1A", "SCNN1A", "LTBR", "CD27", "VAMP1", "NCAPD2", "GAPDH", "CHD4", "CD4", "GNB3", "TPI1", "ENO2", "PTPN6", "C1S", "PEX5", "APOBEC1", "GDF3", "SLC2A14", "C3AR1", "AICDA", "M6PR", "KLRG1", "KLRB1", "CLEC7A", "OLR1", "KLRD1", "KLRK1", "KLRC4", "KLRC3", "KLRC2", "KLRC1", "CSDA", "TAS2R7", "TAS2R8", "TAS2R9", "TAS2R10", "TAS2R13", "TAS2R14", "TAS2R50", "TAS2R42", "PRB1", "ETV6", "LRP6", "DUSP16", "CDKN1B", "GRIN2B", "GUCY2C", "HIST4H4", "H2AFJ", "WBP11", "ARHGDIB", "PDE6H", "PTPRO", "EPS8", "STRAP", "DERA", "MGST1", "PLCZ1", "PDE3A", "SLCO1B3", "SLCO1B1", "SLCO1A2", "IAPP", "GYS2", "LDHB", "ABCC9", "CMAS", "ST8SIA1", "ETNK1", "BCAT1", "ITPR2", "PTHLH", "FGD4", "DNM1L", "YARS2", "PKP2", "ALG10", "ALG10B", "ABCD2", "LRRK2", "CNTN1", "RAPGEF3", "VDR", "DDX23", "RND1", "WNT10B", "WNT1", "PRKAG1", "DHH", "TUBA1B", "TUBA1A", "TUBA1C", "PRPH", "AQP2", "AQP5", "PARP4", "CYSLTR2", "PCDH17", "DIAPH3", "PCDH9", "DIS3", "TBC1D4", "LMO7", "CLN5", "FBXL3", "EDNRB", "SPRY2", "OR4K2", "OR4K5", "OR4K1", "DNAJA3", "NAGPA", "PHKB", "CDH13", "OMG", "RAB11FIP4", "PSMB3", "GRB7", "IKZF3", "CDH2", "CDH20", "PIGN", "GPI", "CD22", "GAPDHS", "ATP4A", "COX6B1", "PSENEN", "SNX26", "PRODH2", "HCST", "TYROBP", "POLR2I", "TBCB", "CAPNS1", "COX7A1", "PPP1R14A", "PSMD8", "RASGRP4", "RYR1", "MAP4K1", "EIF3K", "ACTN4", "ECH1", "HNRNPL", "SIRT2", "NFKBIB", "SARS2", "PAK4", "IL28B", "IL28A", "IL29", "PLEKHG2", "SUPT5H", "TGFB1", "B9D2", "BCL3", "CBLC", "PVRL2", "TOMM40", "APOE", "APOC2", "RELB", "GEMIN7", "CKM", "KLC3", "ERCC2", "PPP1R13L", "ERCC1", "FOSB", "VASP", "GIPR", "SNRPD2", "SYMPK", "FOXA3", "HIF3A", "PPP5C", "CALM3", "PTGIR", "GNG8", "AP2S1", "SAE1", "BBC3", "C5AR1", "SLC8A2", "EHD2", "ELSPBP1", "LIG1", "CARD8", "KDELR1", "GRIN2D", "SULT2B1", "RPL18", "SPHK2", "FUT2", "FUT1", "FGF21", "BCAT2", "PPP1R15A", "DHDH", "BAX", "FTL", "GYS1", "LHB", "CD37", "SLC17A7", "FLT3LG", "RPL13A", "NOSIP", "RRAS", "IRF3", "PRMT1", "CPT1C", "AP2A1", "MED25", "AKT1S1", "IL4I1", "NUP62", "ATF5", "PRKCG", "CACNG7", "CACNG8", "CACNG6", "NDUFA3", "PRPF31", "CNOT3", "CDH4", "NTSR1", "COL9A3", "COMT", "DGCR8", "RANBP1", "RTN4R", "UBE2L3", "PPIL2", "MPST", "IL2RB", "SSTR3", "RAC2", "MFNG", "MICALL1", "POLR2F", "SLC16A8", "PLA2G6", "MAFF", "KDELR3", "DNAL4", "APOBEC3G", "PDGFB", "RPL3", "MAP3K7IP1", "MGAT3", "ATF4", "CACNA1I", "RANGAP1", "PHF5A", "POLR3H", "PMM1", "XRCC6", "NHP2L1", "TNFRSF13C", "CENPM", "NAGA", "NDUFA6", "CYP2D6", "BIK", "MCAT", "TSPO", "PNPLA3", "PARVB", "PARVG", "NUP50", "SMC1B", "WNT7B", "PPARA", "GTSE1", "CELSR1", "CERK", "PRKX", "NLGN4X", "STS", "PNPLA4", "TBL1X", "MID1", "HCCS", "ARHGAP6", "TLR8", "OFD1", "GLRA2", "PIGA", "FIGF", "PIR", "BMX", "ACE2", "CA5B", "AP1S2", "GRPR", "CTPS2", "RBBP7", "REPS2", "PHKA2", "PDHA1", "SH3KBP1", "EIF1AX", "MBTPS2", "SMS", "SAT1", "EIF2S3", "PDK3", "PCYT1B", "POLA1", "NR0B1", "GK", "DMD", "CYBB", "OTC", "BCOR", "MED14", "DDX3X", "CASK", "MAOA", "MAOB", "DUSP21", "CHST7", "NDUFB11", "USP11", "ARAF", "SYN1", "TIMP1", "CFP", "ELK1", "PORCN", "EBP", "WAS", "SUV39H1", "GATA1", "HDAC6", "PQBP1", "PIM2", "OTUD5", "CCNB3", "BMP15", "GSPT2", "MAGED1", "IQSEC2", "SMC1A", "HSD17B10", "HUWE1", "FGD1", "PFKFB1", "APEX2", "ALAS2", "MAGEH1", "UBQLN2", "ARHGEF9", "MSN", "EDA2R", "AR", "OPHN1", "STARD8", "EFNB1", "EDA", "IGBP1", "P2RY4", "ARR3", "ERCC6L", "RPS4X", "CITED1", "HDAC8", "PHKA1", "ABCB7", "UPRT", "COX7B", "PGK1", "TAF9B", "CYSLTR1", "P2RY10", "SH3BGRL", "RPS6KA6", "PCDH11X", "DIAPH2", "RPA4", "CSTF2", "NOX1", "CENPI", "TAF7L", "RPL36A", "GLA", "BEX1", "NGFRAP1", "NRK", "RNF128", "CLDN2", "PRPS1", "PSMD10", "ATG4A", "COL4A6", "COL4A5", "IRS4", "GUCY2F", "ACSL4", "CHRDL1", "PAK3", "CAPN6", "ALG13", "TRPC5", "HTR2C", "IL13RA2", "AGTR2", "KLHL13", "IL13RA1", "SLC25A5", "UPF3B", "NDUFA1", "ATP1B4", "LAMP2", "CUL4B", "C1GALT1C1", "GLUD2", "GRIA3", "THOC2", "STAG2", "SH2D1A", "SMARCA1", "OCRL", "OR13H1", "RAP2C", "HS6ST2", "GPC3", "HPRT1", "SLC9A6", "FHL1", "ARHGEF6", "RBMX", "FGF13", "UBE2NL", "IDS", "MTMR1", "GABRE", "GABRA3", "GABRQ", "CETN2", "ATP2B3", "DUSP9", "BCAP31", "ABCD1", "PLXNB3", "IDH3G", "SSR4", "L1CAM", "AVPR2", "ARHGAP4", "ARD1A", "RENBP", "IRAK1", "TKTL1", "FLNA", "EMD", "RPL10", "TAZ", "ATP6AP1", "GDI1", "PLXNA3", "G6PD", "GAB3", "DKC1", "F8", "VBP1", "TMLHE" ], "rows": 1255, "table": true, "tojson": true }, { "name": "samplePatientExpressionMatrix", "title": "Sample patient expression matrix", "object": "samplePatientExpressionMatrix", "file": "samplePatientExpressionMatrix.rda", "class": [ "matrix", "array" ], "fields": [ "ABCC4", "AOC3", "APBB1IP", "APC", "ATM", "ATP6V1E1", "ATR", "BRCA2", "BTK", "CAST", "CBL", "CHEK2", "COL11A1", "COL3A1", "COL5A1", "CSF3R", "CSNK1E", "CYP27B1", "DDIT3", "DES", "DGKD", "DOCK1", "DTX3", "EGFR", "EPHA3", "EPHA6", "EPHA8", "EPHB1", "ETNK2", "F13A1", "FBXW7", "FGFR1", "FN1", "FOXO3", "GARNL3", "GDF10", "GLI1", "GNAI1", "GSTM5", "HCK", "HLA-E", "HSPA8", "ID3", "INHBE", "IRAK3", "ITGAL", "ITGB2", "ITGB3", "KIT", "KPNA2", "KTN1", "LAMP1", "MAG", "MAP3K6", "MAPK8IP2", "MAPK8IP3", "MAPK9", "MDM2", "MDM4", "MET", "MTAP", "MYCN", "MYLK2", "MYST4", "NRXN3", "OR5P2", "PDGFRA", "PDPK1", "PHLPP", "PIK3C2A", "PIK3C2B", "PIK3C2G", "PPP2R5D", "PRKCA", "PRKD2", "PSMD13", "PTEN", "PTK2B", "RB1", "RUNX1T1", "RYR3", "SLC25A13", "SLC2A2", "SLIT2", "SMAD4", "SPARC", "SPDEF", "SPN", "TAOK3", "TAS1R1", "TBK1", "TGFBR2", "TNC", "TP53", "TRIM3", "TRIP6", "VLDLR", "ABCA13", "ABI1", "ADSSL1", "ALDH1A3", "ANXA1", "ATP1A2", "BCAR1", "CCK", "CCT2", "CD46", "CDH1", "CDKN2A", "CHAT", "CHEK1", "CHRNA3", "CLOCK", "CNTFR", "COL1A1", "CSF1R", "CTDSP2", "CXCL3", "CYP1B1", "DCN", "DLL3", "EP300", "EP400", "EPHA2", "EPHA7", "EPHB4", "EPHB6", "ERBB3", "EXOC1", "FGFR4", "FLT1", "FLT3", "GAS6", "GLI3", "GNAS", "GRLF1", "GRM1", "GYPA", "HGF", "HSP90AA1", "HTR2A", "IFNA21", "ILK", "INSR", "IQGAP1", "ITPR3", "JAG1", "KCNJ16", "KDR", "LRRC4C", "MAN1A1", "MAPK13", "MMP15", "MSH6", "NEFL", "NMBR", "NME7", "NOTCH4", "NTRK2", "PAK7", "PAPPA2", "PDGFRB", "PDK2", "PIK3CA", "PIK3CG", "PIM1", "PMS2", "POU2F1", "PRKCD", "PRNP", "PTCH1", "PTPRZ1", "RAP2A", "ROR2", "RPS6KA3", "SFRP1", "SHH", "SLC16A1", "SNX13", "ST6GAL1", "STAT1", "TAF1", "TCF12", "TEK", "THBS1", "TNFRSF10A", "TNFRSF11B", "TRIM24", "TUSC3", "UNG", "USF1", "WNT2", "A2M", "ABCA1", "ADAM12", "AIFM1", "ARNT", "BAMBI", "BCR", "CAPN3", "CDH23", "CDKN2C", "CENPF", "CHRNA1", "COL1A2", "COL4A1", "COL6A2", "COL6A3", "CTNNB1", "CTSH", "CYLD", "CYP3A4", "DGKZ", "DMBT1", "DSG1", "DSG2", "DSP", "DST", "EPHA4", "ERBB2", "ESR2", "FGFR2", "FGFR3", "FRAP1", "FRZB", "FURIN", "GATA3", "GRM5", "GYPC", "HIPK2", "ICA1", "IDH1", "IQSEC3", "IRS1", "KALRN", "KRAS", "LATS2", "LDHA", "LYN", "MADD", "MAGEA1", "MAPK7", "MLH1", "MME", "MSH2", "NBN", "NDUFA10", "NF1", "NOS3", "NOTCH1", "NTRK1", "NTRK3", "OSMR", "PAPSS2", "PAX5", "PGR", "PIK3R1", "PML", "PRF1", "PRKDC", "PRSS1", "PTPN11", "RELN", "RET", "RGS4", "RPN1", "SEMA3B", "SOCS1", "SRGAP1", "STK36", "TERT", "TNFRSF1B", "TNFRSF25", "TOP1", "TRRAP", "TSC1", "TSC2", "VAV2", "C1QA", "C1QC", "C1QB", "EPHB2", "AOF2", "AHCYL1", "PMF1", "SMG5", "CCT3", "MEF2D", "IQGAP3", "CACNA1S", "PKP1", "ADORA1", "CHIT1", "ATP2B4", "SNRPE", "REN", "KISS1", "NFASC", "CNTN2", "RGS7", "FH", "KMO", "EXO1", "SDCCAG8", "AKT3", "ADSS", "TAF1B", "KLF11", "RRM2", "ODC1", "ATP6V1C2", "PDIA6", "ROCK2", "NTSR2", "LAPTM4A", "SDC1", "RHOB", "SPTBN1", "GALNT13", "TBL1XR1", "KCNMB2", "ZMAT3", "KCNMB3", "GNB4", "ACTL6A", "NDUFB5", "MCCC1", "LAMP3", "B3GNT5", "ABCC5", "EIF2B5", "DVL3", "AP2M1", "ALG3", "ECE2", "PSMD2", "EIF4G1", "POLR2H", "THPO", "CHRD", "EPHB3", "EHHADH", "MAP3K13", "SENP2", "ETV5", "DGKG", "DNAJB11", "AHSG", "HRG", "KNG1", "EIF4A2", "RFC4", "ADIPOQ", "MASP1", "SST", "BCL6", "LPP", "FGF12", "HES1", "GP5", "PCYT1A", "PIGX", "PAK2", "NCBP2", "PIGZ", "DLG1", "BDH1", "RPL35A", "SGCB", "CEP135", "PPAT", "PAICS", "SRP72", "REST", "POLR2B", "TMSL3", "DKK2", "PAPSS1", "SGMS2", "CYP2U1", "HADH", "LEF1", "NDST3", "FKBP5", "CLPS", "MAPK14", "ETV7", "SFRS3", "CDKN1A", "PPIL1", "FGD2", "DNAH8", "GLP1R", "CCND3", "GUCA1A", "GUCA1B", "TBCC", "PDSS2", "SEC63", "NR2E1", "CD164", "SMPD2", "WASF1", "CDC40", "DDO", "AMD1", "REV3L", "PAPOLB", "NDUFA4", "NOD1", "SFRP4", "RALA", "HUS1", "UPP1", "IKZF1", "GRB10", "SEC61G", "PSPH", "CCT6A", "PHKG1", "WBSCR17", "RFC2", "MAGI2", "CD36", "SEMA3C", "CYP51A1", "PEX1", "CDK6", "SMURF1", "CFTR", "WNT16", "METTL2B", "FLNC", "ATP6V1F", "IRF5", "EXOC4", "PRSS2", "TPK1", "CA8", "CDH17", "RAD54B", "TG", "BMPR1A", "EIF3F", "TUB", "KIF18A", "FSHB", "IMMP1L", "PAX6", "WT1", "DEPDC7", "CSTF3", "TRAF6", "RAG1", "RAG2", "ME3", "FZD4", "CTSC", "NOX4", "ATP5L", "ARCN1", "TREH", "DDX6", "TRAPPC4", "HYOU1", "HMBS", "H2AFX", "DPAGT1", "ABCG4", "NLRX1", "USP2", "THY1", "PVRL1", "ARHGEF12", "GRIK4", "SC5DL", "CRTAM", "CACNA1C", "CCND2", "PRICKLE1", "IRAK4", "COL2A1", "SENP1", "PFKM", "OR10AD1", "OR8S1", "LALBA", "CCNT1", "ADCY6", "CACNB3", "SMARCD1", "GPD1", "LIMA1", "BIN2", "GALNT6", "ACVRL1", "ACVR1B", "GRASP", "NR4A1", "ITGA5", "NCKAP1L", "PDE1B", "PPP1R1A", "OR9K2", "OR10A7", "OR6C4", "OR10P1", "ITGA7", "BLOC1S1", "RDH5", "CD63", "GDF11", "SHMT2", "NDUFA4L2", "INHBC", "ARHGAP9", "MARS", "DCTN2", "PIP4K2C", "B4GALNT1", "OS9", "CDK4", "SLC16A7", "AVPR1A", "GNS", "WIF1", "IFNG", "IL26", "IL22", "RAP1B", "NUP107", "LYZ", "FRS2", "CNOT2", "KCNMB4", "PTPRB", "PTPRR", "TPH2", "CEP290", "AMDHD1", "HAL", "LTA4H", "SLC10A2", "TFDP1", "ATP4B", "RHOJ", "AKT1", "OR4N4", "OR4M2", "NFATC1", "CTDP1", "TXNL4A", "CREB3L3", "EBI3", "SH3GL1", "CHAF1A", "CCNE1", "ALG12", "MLC1", "PANX2", "TUBGCP6", "HDAC10", "MAPK12", "ISG15", "AGRN", "TNFRSF18", "TNFRSF4", "B3GALT6", "UBE2J2", "TAS1R3", "DVL1", "AURKAIP1", "CDC2L2", "NADK", "GNB1", "CALML6", "GABRD", "SKI", "PEX10", "PANK4", "HES5", "TNFRSF14", "ARHGEF16", "RPL22", "ACOT7", "PLEKHG5", "VAMP3", "PER3", "TNFRSF9", "PARK7", "ENO1", "CA6", "H6PD", "PIK3CD", "CTNNBIP1", "NMNAT1", "UBE4B", "PGD", "APITD1", "DFFA", "PEX14", "MASP2", "SRM", "EXOSC10", "FBXO2", "FBXO6", "MAD2L2", "MTHFR", "NPPA", "NPPB", "PLOD1", "TNFRSF8", "CASP9", "AGMAT", "SPEN", "ZBTB17", "CLCNKB", "HTR1D", "HNRNPR", "E2F2", "RPL11", "TCEB3", "LYPLA2", "GALE", "HMGCL", "FUCA1", "CNR2", "SRRM1", "RUNX3", "MAN1C1", "WASF2", "FGR", "COL16A1", "PTP4A2", "FAF1", "JAK1", "GSTM2", "GSTM1", "NRXN1", "SPR", "HDAC4", "DAG1", "MST1", "GMPPB", "MST1R", "RBM5", "SEMA3F", "GNAT1", "SLC38A3", "GNAI2", "HYAL3", "HYAL1", "HYAL2", "RASSF1", "CACNA2D2", "PARP3", "ACY1", "DUSP7", "ALAS1", "TLR9", "GLYCTK", "DNAH1", "SEMA3G", "TNNC1", "SPCS1", "RFT1", "TKT", "CLDN1", "CLDN16", "IL1RAP", "EPHA5", "CENPC1", "GNRHR", "UGT2B17", "UGT2B28", "SULT1E1", "CSN2", "STATH", "HTN1", "MUC7", "GRSF1", "DCK", "SLC4A4", "GC", "NPFFR2", "PPP3CA", "NFKB1", "MANBA", "UBE2D3", "BDH2", "CENPE", "TACR3", "CXXC4", "PPA2", "SCYE1", "AMACR", "PRLR", "PPAP2A", "HSP90AB1", "NFKBIE", "AARS2", "PARK2", "PTPRN2", "PSD3", "JAK2", "IFNB1", "IFNW1", "IFNA14", "IFNA7", "IFNA10", "IFNA16", "IFNA17", "IFNA5", "KLHL9", "IFNA6", "IFNA2", "IFNA8", "IFNA1", "CDKN2B", "PLAA", "IFNK", "ACO1", "ABL1", "LAMC3", "WDR5", "RXRA", "GPSM1", "CARD9", "SNAPC4", "INPP5E", "AGPAT2", "PHPT1", "TRAF2", "C8G", "ABCA2", "FUT7", "ENTPD2", "UAP1L1", "MAN1B1", "GRIN1", "ANAPC2", "SSNA1", "TUBB2C", "ENTPD8", "EHMT1", "CACNA1B", "DNAJC1", "GAD2", "PPYR1", "CTNNA3", "LIPF", "ACTA2", "FAS", "CH25H", "LIPA", "PANK1", "LDB1", "NOLC1", "GBF1", "PTPRE", "INPP5A", "TUBGCP2", "ECHS1", "PAOX", "KCNQ1", "OR51A4", "OR51A2", "OR52N5", "FANCF", "GAS2", "OR4P4", "OR4S2", "OR4C6", "RAD52", "ERC1", "WNT5B", "ADIPOR2", "CACNA2D4", "DCP1B", "FGF23", "FGF6", "NDUFA9", "GALNT8", "NTF3", "VWF", "CD9", "TNFRSF1A", "SCNN1A", "LTBR", "CD27", "VAMP1", "NCAPD2", "GAPDH", "CHD4", "CD4", "GNB3", "TPI1", "ENO2", "PTPN6", "C1S", "PEX5", "APOBEC1", "GDF3", "SLC2A14", "C3AR1", "AICDA", "M6PR", "KLRG1", "KLRB1", "CLEC7A", "OLR1", "KLRD1", "KLRK1", "KLRC4", "KLRC3", "KLRC2", "KLRC1", "CSDA", "TAS2R7", "TAS2R8", "TAS2R9", "TAS2R10", "TAS2R13", "TAS2R14", "TAS2R50", "TAS2R42", "PRB1", "ETV6", "LRP6", "DUSP16", "CDKN1B", "GRIN2B", "GUCY2C", "HIST4H4", "H2AFJ", "WBP11", "ARHGDIB", "PDE6H", "PTPRO", "EPS8", "STRAP", "DERA", "MGST1", "PLCZ1", "PDE3A", "SLCO1B3", "SLCO1B1", "SLCO1A2", "IAPP", "GYS2", "LDHB", "ABCC9", "CMAS", "ST8SIA1", "ETNK1", "BCAT1", "ITPR2", "PTHLH", "FGD4", "DNM1L", "YARS2", "PKP2", "ALG10", "ALG10B", "ABCD2", "LRRK2", "CNTN1", "RAPGEF3", "VDR", "DDX23", "RND1", "WNT10B", "WNT1", "PRKAG1", "DHH", "TUBA1B", "TUBA1A", "TUBA1C", "PRPH", "AQP2", "AQP5", "PARP4", "CYSLTR2", "PCDH17", "DIAPH3", "PCDH9", "DIS3", "TBC1D4", "LMO7", "CLN5", "FBXL3", "EDNRB", "SPRY2", "OR4K2", "OR4K5", "OR4K1", "DNAJA3", "NAGPA", "PHKB", "CDH13", "OMG", "RAB11FIP4", "PSMB3", "GRB7", "IKZF3", "CDH2", "CDH20", "PIGN", "GPI", "CD22", "GAPDHS", "ATP4A", "COX6B1", "PSENEN", "SNX26", "PRODH2", "HCST", "TYROBP", "POLR2I", "TBCB", "CAPNS1", "COX7A1", "PPP1R14A", "PSMD8", "RASGRP4", "RYR1", "MAP4K1", "EIF3K", "ACTN4", "ECH1", "HNRNPL", "SIRT2", "NFKBIB", "SARS2", "PAK4", "IL28B", "IL28A", "IL29", "PLEKHG2", "SUPT5H", "TGFB1", "B9D2", "BCL3", "CBLC", "PVRL2", "TOMM40", "APOE", "APOC2", "RELB", "GEMIN7", "CKM", "KLC3", "ERCC2", "PPP1R13L", "ERCC1", "FOSB", "VASP", "GIPR", "SNRPD2", "SYMPK", "FOXA3", "HIF3A", "PPP5C", "CALM3", "PTGIR", "GNG8", "AP2S1", "SAE1", "BBC3", "C5AR1", "SLC8A2", "EHD2", "ELSPBP1", "LIG1", "CARD8", "KDELR1", "GRIN2D", "SULT2B1", "RPL18", "SPHK2", "FUT2", "FUT1", "FGF21", "BCAT2", "PPP1R15A", "DHDH", "BAX", "FTL", "GYS1", "LHB", "CD37", "SLC17A7", "FLT3LG", "RPL13A", "NOSIP", "RRAS", "IRF3", "PRMT1", "CPT1C", "AP2A1", "MED25", "AKT1S1", "IL4I1", "NUP62", "ATF5", "PRKCG", "CACNG7", "CACNG8", "CACNG6", "NDUFA3", "PRPF31", "CNOT3", "CDH4", "NTSR1", "COL9A3", "COMT", "DGCR8", "RANBP1", "RTN4R", "UBE2L3", "PPIL2", "MPST", "IL2RB", "SSTR3", "RAC2", "MFNG", "MICALL1", "POLR2F", "SLC16A8", "PLA2G6", "MAFF", "KDELR3", "DNAL4", "APOBEC3G", "PDGFB", "RPL3", "MAP3K7IP1", "MGAT3", "ATF4", "CACNA1I", "RANGAP1", "PHF5A", "POLR3H", "PMM1", "XRCC6", "NHP2L1", "TNFRSF13C", "CENPM", "NAGA", "NDUFA6", "CYP2D6", "BIK", "MCAT", "TSPO", "PNPLA3", "PARVB", "PARVG", "NUP50", "SMC1B", "WNT7B", "PPARA", "GTSE1", "CELSR1", "CERK", "PRKX", "NLGN4X", "STS", "PNPLA4", "TBL1X", "MID1", "HCCS", "ARHGAP6", "TLR8", "OFD1", "GLRA2", "PIGA", "FIGF", "PIR", "BMX", "ACE2", "CA5B", "AP1S2", "GRPR", "CTPS2", "RBBP7", "REPS2", "PHKA2", "PDHA1", "SH3KBP1", "EIF1AX", "MBTPS2", "SMS", "SAT1", "EIF2S3", "PDK3", "PCYT1B", "POLA1", "NR0B1", "GK", "DMD", "CYBB", "OTC", "BCOR", "MED14", "DDX3X", "CASK", "MAOA", "MAOB", "DUSP21", "CHST7", "NDUFB11", "USP11", "ARAF", "SYN1", "TIMP1", "CFP", "ELK1", "PORCN", "EBP", "WAS", "SUV39H1", "GATA1", "HDAC6", "PQBP1", "PIM2", "OTUD5", "CCNB3", "BMP15", "GSPT2", "MAGED1", "IQSEC2", "SMC1A", "HSD17B10", "HUWE1", "FGD1", "PFKFB1", "APEX2", "ALAS2", "MAGEH1", "UBQLN2", "ARHGEF9", "MSN", "EDA2R", "AR", "OPHN1", "STARD8", "EFNB1", "EDA", "IGBP1", "P2RY4", "ARR3", "ERCC6L", "RPS4X", "CITED1", "HDAC8", "PHKA1", "ABCB7", "UPRT", "COX7B", "PGK1", "TAF9B", "CYSLTR1", "P2RY10", "SH3BGRL", "RPS6KA6", "PCDH11X", "DIAPH2", "RPA4", "CSTF2", "NOX1", "CENPI", "TAF7L", "RPL36A", "GLA", "BEX1", "NGFRAP1", "NRK", "RNF128", "CLDN2", "PRPS1", "PSMD10", "ATG4A", "COL4A6", "COL4A5", "IRS4", "GUCY2F", "ACSL4", "CHRDL1", "PAK3", "CAPN6", "ALG13", "TRPC5", "HTR2C", "IL13RA2", "AGTR2", "KLHL13", "IL13RA1", "SLC25A5", "UPF3B", "NDUFA1", "ATP1B4", "LAMP2", "CUL4B", "C1GALT1C1", "GLUD2", "GRIA3", "THOC2", "STAG2", "SH2D1A", "SMARCA1", "OCRL", "OR13H1", "RAP2C", "HS6ST2", "GPC3", "HPRT1", "SLC9A6", "FHL1", "ARHGEF6", "RBMX", "FGF13", "UBE2NL", "IDS", "MTMR1", "GABRE", "GABRA3", "GABRQ", "CETN2", "ATP2B3", "DUSP9", "BCAP31", "ABCD1", "PLXNB3", "IDH3G", "SSR4", "L1CAM", "AVPR2", "ARHGAP4", "ARD1A", "RENBP", "IRAK1", "TKTL1", "FLNA", "EMD", "RPL10", "TAZ", "ATP6AP1", "GDI1", "PLXNA3", "G6PD", "GAB3", "DKC1", "F8", "VBP1", "TMLHE" ], "rows": 200, "table": true, "tojson": true }, { "name": "samplePatientMutationMatrix", "title": "Sample patient mutation matrix", "object": "samplePatientMutationMatrix", "file": "samplePatientMutationMatrix.rda", "class": [ "matrix", "array" ], "fields": [ "ABCC4", "AOC3", "APBB1IP", "APC", "ATM", "ATP6V1E1", "ATR", "BRCA2", "BTK", "CAST", "CBL", "CHEK2", "COL11A1", "COL3A1", "COL5A1", "CSF3R", "CSNK1E", "CYP27B1", "DDIT3", "DES", "DGKD", "DOCK1", "DTX3", "EGFR", "EPHA3", "EPHA6", "EPHA8", "EPHB1", "ETNK2", "F13A1", "FBXW7", "FGFR1", "FN1", "FOXO3", "GARNL3", "GDF10", "GLI1", "GNAI1", "GSTM5", "HCK", "HLA-E", "HSPA8", "ID3", "INHBE", "IRAK3", "ITGAL", "ITGB2", "ITGB3", "KIT", "KPNA2", "KTN1", "LAMP1", "MAG", "MAP3K6", "MAPK8IP2", "MAPK8IP3", "MAPK9", "MDM2", "MDM4", "MET", "MTAP", "MYCN", "MYLK2", "MYST4", "NRXN3", "OR5P2", "PDGFRA", "PDPK1", "PHLPP", "PIK3C2A", "PIK3C2B", "PIK3C2G", "PPP2R5D", "PRKCA", "PRKD2", "PSMD13", "PTEN", "PTK2B", "RB1", "RUNX1T1", "RYR3", "SLC25A13", "SLC2A2", "SLIT2", "SMAD4", "SPARC", "SPDEF", "SPN", "TAOK3", "TAS1R1", "TBK1", "TGFBR2", "TNC", "TP53", "TRIM3", "TRIP6", "VLDLR", "ABCA13", "ABI1", "ADSSL1", "ALDH1A3", "ANXA1", "ATP1A2", "BCAR1", "CCK", "CCT2", "CD46", "CDH1", "CDKN2A", "CHAT", "CHEK1", "CHRNA3", "CLOCK", "CNTFR", "COL1A1", "CSF1R", "CTDSP2", "CXCL3", "CYP1B1", "DCN", "DLL3", "EP300", "EP400", "EPHA2", "EPHA7", "EPHB4", "EPHB6", "ERBB3", "EXOC1", "FGFR4", "FLT1", "FLT3", "GAS6", "GLI3", "GNAS", "GRLF1", "GRM1", "GYPA", "HGF", "HSP90AA1", "HTR2A", "IFNA21", "ILK", "INSR", "IQGAP1", "ITPR3", "JAG1", "KCNJ16", "KDR", "LRRC4C", "MAN1A1", "MAPK13", "MMP15", "MSH6", "NEFL", "NMBR", "NME7", "NOTCH4", "NTRK2", "PAK7", "PAPPA2", "PDGFRB", "PDK2", "PIK3CA", "PIK3CG", "PIM1", "PMS2", "POU2F1", "PRKCD", "PRNP", "PTCH1", "PTPRZ1", "RAP2A", "ROR2", "RPS6KA3", "SFRP1", "SHH", "SLC16A1", "SNX13", "ST6GAL1", "STAT1", "TAF1", "TCF12", "TEK", "THBS1", "TNFRSF10A", "TNFRSF11B", "TRIM24", "TUSC3", "UNG", "USF1", "WNT2", "A2M", "ABCA1", "ADAM12", "AIFM1", "ARNT", "BAMBI", "BCR", "CAPN3", "CDH23", "CDKN2C", "CENPF", "CHRNA1", "COL1A2", "COL4A1", "COL6A2", "COL6A3", "CTNNB1", "CTSH", "CYLD", "CYP3A4", "DGKZ", "DMBT1", "DSG1", "DSG2", "DSP", "DST", "EPHA4", "ERBB2", "ESR2", "FGFR2", "FGFR3", "FRAP1", "FRZB", "FURIN", "GATA3", "GRM5", "GYPC", "HIPK2", "ICA1", "IDH1", "IQSEC3", "IRS1", "KALRN", "KRAS", "LATS2", "LDHA", "LYN", "MADD", "MAGEA1", "MAPK7", "MLH1", "MME", "MSH2", "NBN", "NDUFA10", "NF1", "NOS3", "NOTCH1", "NTRK1", "NTRK3", "OSMR", "PAPSS2", "PAX5", "PGR", "PIK3R1", "PML", "PRF1", "PRKDC", "PRSS1", "PTPN11", "RELN", "RET", "RGS4", "RPN1", "SEMA3B", "SOCS1", "SRGAP1", "STK36", "TERT", "TNFRSF1B", "TNFRSF25", "TOP1", "TRRAP", "TSC1", "TSC2", "VAV2", "C1QA", "C1QC", "C1QB", "EPHB2", "AOF2", "AHCYL1", "PMF1", "SMG5", "CCT3", "MEF2D", "IQGAP3", "CACNA1S", "PKP1", "ADORA1", "CHIT1", "ATP2B4", "SNRPE", "REN", "KISS1", "NFASC", "CNTN2", "RGS7", "FH", "KMO", "EXO1", "SDCCAG8", "AKT3", "ADSS", "TAF1B", "KLF11", "RRM2", "ODC1", "ATP6V1C2", "PDIA6", "ROCK2", "NTSR2", "LAPTM4A", "SDC1", "RHOB", "SPTBN1", "GALNT13", "TBL1XR1", "KCNMB2", "ZMAT3", "KCNMB3", "GNB4", "ACTL6A", "NDUFB5", "MCCC1", "LAMP3", "B3GNT5", "ABCC5", "EIF2B5", "DVL3", "AP2M1", "ALG3", "ECE2", "PSMD2", "EIF4G1", "POLR2H", "THPO", "CHRD", "EPHB3", "EHHADH", "MAP3K13", "SENP2", "ETV5", "DGKG", "DNAJB11", "AHSG", "HRG", "KNG1", "EIF4A2", "RFC4", "ADIPOQ", "MASP1", "SST", "BCL6", "LPP", "FGF12", "HES1", "GP5", "PCYT1A", "PIGX", "PAK2", "NCBP2", "PIGZ", "DLG1", "BDH1", "RPL35A", "SGCB", "CEP135", "PPAT", "PAICS", "SRP72", "REST", "POLR2B", "TMSL3", "DKK2", "PAPSS1", "SGMS2", "CYP2U1", "HADH", "LEF1", "NDST3", "FKBP5", "CLPS", "MAPK14", "ETV7", "SFRS3", "CDKN1A", "PPIL1", "FGD2", "DNAH8", "GLP1R", "CCND3", "GUCA1A", "GUCA1B", "TBCC", "PDSS2", "SEC63", "NR2E1", "CD164", "SMPD2", "WASF1", "CDC40", "DDO", "AMD1", "REV3L", "PAPOLB", "NDUFA4", "NOD1", "SFRP4", "RALA", "HUS1", "UPP1", "IKZF1", "GRB10", "SEC61G", "PSPH", "CCT6A", "PHKG1", "WBSCR17", "RFC2", "MAGI2", "CD36", "SEMA3C", "CYP51A1", "PEX1", "CDK6", "SMURF1", "CFTR", "WNT16", "METTL2B", "FLNC", "ATP6V1F", "IRF5", "EXOC4", "PRSS2", "TPK1", "CA8", "CDH17", "RAD54B", "TG", "BMPR1A", "EIF3F", "TUB", "KIF18A", "FSHB", "IMMP1L", "PAX6", "WT1", "DEPDC7", "CSTF3", "TRAF6", "RAG1", "RAG2", "ME3", "FZD4", "CTSC", "NOX4", "ATP5L", "ARCN1", "TREH", "DDX6", "TRAPPC4", "HYOU1", "HMBS", "H2AFX", "DPAGT1", "ABCG4", "NLRX1", "USP2", "THY1", "PVRL1", "ARHGEF12", "GRIK4", "SC5DL", "CRTAM", "CACNA1C", "CCND2", "PRICKLE1", "IRAK4", "COL2A1", "SENP1", "PFKM", "OR10AD1", "OR8S1", "LALBA", "CCNT1", "ADCY6", "CACNB3", "SMARCD1", "GPD1", "LIMA1", "BIN2", "GALNT6", "ACVRL1", "ACVR1B", "GRASP", "NR4A1", "ITGA5", "NCKAP1L", "PDE1B", "PPP1R1A", "OR9K2", "OR10A7", "OR6C4", "OR10P1", "ITGA7", "BLOC1S1", "RDH5", "CD63", "GDF11", "SHMT2", "NDUFA4L2", "INHBC", "ARHGAP9", "MARS", "DCTN2", "PIP4K2C", "B4GALNT1", "OS9", "CDK4", "SLC16A7", "AVPR1A", "GNS", "WIF1", "IFNG", "IL26", "IL22", "RAP1B", "NUP107", "LYZ", "FRS2", "CNOT2", "KCNMB4", "PTPRB", "PTPRR", "TPH2", "CEP290", "AMDHD1", "HAL", "LTA4H", "SLC10A2", "TFDP1", "ATP4B", "RHOJ", "AKT1", "OR4N4", "OR4M2", "NFATC1", "CTDP1", "TXNL4A", "CREB3L3", "EBI3", "SH3GL1", "CHAF1A", "CCNE1", "ALG12", "MLC1", "PANX2", "TUBGCP6", "HDAC10", "MAPK12", "ISG15", "AGRN", "TNFRSF18", "TNFRSF4", "B3GALT6", "UBE2J2", "TAS1R3", "DVL1", "AURKAIP1", "CDC2L2", "NADK", "GNB1", "CALML6", "GABRD", "SKI", "PEX10", "PANK4", "HES5", "TNFRSF14", "ARHGEF16", "RPL22", "ACOT7", "PLEKHG5", "VAMP3", "PER3", "TNFRSF9", "PARK7", "ENO1", "CA6", "H6PD", "PIK3CD", "CTNNBIP1", "NMNAT1", "UBE4B", "PGD", "APITD1", "DFFA", "PEX14", "MASP2", "SRM", "EXOSC10", "FBXO2", "FBXO6", "MAD2L2", "MTHFR", "NPPA", "NPPB", "PLOD1", "TNFRSF8", "CASP9", "AGMAT", "SPEN", "ZBTB17", "CLCNKB", "HTR1D", "HNRNPR", "E2F2", "RPL11", "TCEB3", "LYPLA2", "GALE", "HMGCL", "FUCA1", "CNR2", "SRRM1", "RUNX3", "MAN1C1", "WASF2", "FGR", "COL16A1", "PTP4A2", "FAF1", "JAK1", "GSTM2", "GSTM1", "NRXN1", "SPR", "HDAC4", "DAG1", "MST1", "GMPPB", "MST1R", "RBM5", "SEMA3F", "GNAT1", "SLC38A3", "GNAI2", "HYAL3", "HYAL1", "HYAL2", "RASSF1", "CACNA2D2", "PARP3", "ACY1", "DUSP7", "ALAS1", "TLR9", "GLYCTK", "DNAH1", "SEMA3G", "TNNC1", "SPCS1", "RFT1", "TKT", "CLDN1", "CLDN16", "IL1RAP", "EPHA5", "CENPC1", "GNRHR", "UGT2B17", "UGT2B28", "SULT1E1", "CSN2", "STATH", "HTN1", "MUC7", "GRSF1", "DCK", "SLC4A4", "GC", "NPFFR2", "PPP3CA", "NFKB1", "MANBA", "UBE2D3", "BDH2", "CENPE", "TACR3", "CXXC4", "PPA2", "SCYE1", "AMACR", "PRLR", "PPAP2A", "HSP90AB1", "NFKBIE", "AARS2", "PARK2", "PTPRN2", "PSD3", "JAK2", "IFNB1", "IFNW1", "IFNA14", "IFNA7", "IFNA10", "IFNA16", "IFNA17", "IFNA5", "KLHL9", "IFNA6", "IFNA2", "IFNA8", "IFNA1", "CDKN2B", "PLAA", "IFNK", "ACO1", "ABL1", "LAMC3", "WDR5", "RXRA", "GPSM1", "CARD9", "SNAPC4", "INPP5E", "AGPAT2", "PHPT1", "TRAF2", "C8G", "ABCA2", "FUT7", "ENTPD2", "UAP1L1", "MAN1B1", "GRIN1", "ANAPC2", "SSNA1", "TUBB2C", "ENTPD8", "EHMT1", "CACNA1B", "DNAJC1", "GAD2", "PPYR1", "CTNNA3", "LIPF", "ACTA2", "FAS", "CH25H", "LIPA", "PANK1", "LDB1", "NOLC1", "GBF1", "PTPRE", "INPP5A", "TUBGCP2", "ECHS1", "PAOX", "KCNQ1", "OR51A4", "OR51A2", "OR52N5", "FANCF", "GAS2", "OR4P4", "OR4S2", "OR4C6", "RAD52", "ERC1", "WNT5B", "ADIPOR2", "CACNA2D4", "DCP1B", "FGF23", "FGF6", "NDUFA9", "GALNT8", "NTF3", "VWF", "CD9", "TNFRSF1A", "SCNN1A", "LTBR", "CD27", "VAMP1", "NCAPD2", "GAPDH", "CHD4", "CD4", "GNB3", "TPI1", "ENO2", "PTPN6", "C1S", "PEX5", "APOBEC1", "GDF3", "SLC2A14", "C3AR1", "AICDA", "M6PR", "KLRG1", "KLRB1", "CLEC7A", "OLR1", "KLRD1", "KLRK1", "KLRC4", "KLRC3", "KLRC2", "KLRC1", "CSDA", "TAS2R7", "TAS2R8", "TAS2R9", "TAS2R10", "TAS2R13", "TAS2R14", "TAS2R50", "TAS2R42", "PRB1", "ETV6", "LRP6", "DUSP16", "CDKN1B", "GRIN2B", "GUCY2C", "HIST4H4", "H2AFJ", "WBP11", "ARHGDIB", "PDE6H", "PTPRO", "EPS8", "STRAP", "DERA", "MGST1", "PLCZ1", "PDE3A", "SLCO1B3", "SLCO1B1", "SLCO1A2", "IAPP", "GYS2", "LDHB", "ABCC9", "CMAS", "ST8SIA1", "ETNK1", "BCAT1", "ITPR2", "PTHLH", "FGD4", "DNM1L", "YARS2", "PKP2", "ALG10", "ALG10B", "ABCD2", "LRRK2", "CNTN1", "RAPGEF3", "VDR", "DDX23", "RND1", "WNT10B", "WNT1", "PRKAG1", "DHH", "TUBA1B", "TUBA1A", "TUBA1C", "PRPH", "AQP2", "AQP5", "PARP4", "CYSLTR2", "PCDH17", "DIAPH3", "PCDH9", "DIS3", "TBC1D4", "LMO7", "CLN5", "FBXL3", "EDNRB", "SPRY2", "OR4K2", "OR4K5", "OR4K1", "DNAJA3", "NAGPA", "PHKB", "CDH13", "OMG", "RAB11FIP4", "PSMB3", "GRB7", "IKZF3", "CDH2", "CDH20", "PIGN", "GPI", "CD22", "GAPDHS", "ATP4A", "COX6B1", "PSENEN", "SNX26", "PRODH2", "HCST", "TYROBP", "POLR2I", "TBCB", "CAPNS1", "COX7A1", "PPP1R14A", "PSMD8", "RASGRP4", "RYR1", "MAP4K1", "EIF3K", "ACTN4", "ECH1", "HNRNPL", "SIRT2", "NFKBIB", "SARS2", "PAK4", "IL28B", "IL28A", "IL29", "PLEKHG2", "SUPT5H", "TGFB1", "B9D2", "BCL3", "CBLC", "PVRL2", "TOMM40", "APOE", "APOC2", "RELB", "GEMIN7", "CKM", "KLC3", "ERCC2", "PPP1R13L", "ERCC1", "FOSB", "VASP", "GIPR", "SNRPD2", "SYMPK", "FOXA3", "HIF3A", "PPP5C", "CALM3", "PTGIR", "GNG8", "AP2S1", "SAE1", "BBC3", "C5AR1", "SLC8A2", "EHD2", "ELSPBP1", "LIG1", "CARD8", "KDELR1", "GRIN2D", "SULT2B1", "RPL18", "SPHK2", "FUT2", "FUT1", "FGF21", "BCAT2", "PPP1R15A", "DHDH", "BAX", "FTL", "GYS1", "LHB", "CD37", "SLC17A7", "FLT3LG", "RPL13A", "NOSIP", "RRAS", "IRF3", "PRMT1", "CPT1C", "AP2A1", "MED25", "AKT1S1", "IL4I1", "NUP62", "ATF5", "PRKCG", "CACNG7", "CACNG8", "CACNG6", "NDUFA3", "PRPF31", "CNOT3", "CDH4", "NTSR1", "COL9A3", "COMT", "DGCR8", "RANBP1", "RTN4R", "UBE2L3", "PPIL2", "MPST", "IL2RB", "SSTR3", "RAC2", "MFNG", "MICALL1", "POLR2F", "SLC16A8", "PLA2G6", "MAFF", "KDELR3", "DNAL4", "APOBEC3G", "PDGFB", "RPL3", "MAP3K7IP1", "MGAT3", "ATF4", "CACNA1I", "RANGAP1", "PHF5A", "POLR3H", "PMM1", "XRCC6", "NHP2L1", "TNFRSF13C", "CENPM", "NAGA", "NDUFA6", "CYP2D6", "BIK", "MCAT", "TSPO", "PNPLA3", "PARVB", "PARVG", "NUP50", "SMC1B", "WNT7B", "PPARA", "GTSE1", "CELSR1", "CERK", "PRKX", "NLGN4X", "STS", "PNPLA4", "TBL1X", "MID1", "HCCS", "ARHGAP6", "TLR8", "OFD1", "GLRA2", "PIGA", "FIGF", "PIR", "BMX", "ACE2", "CA5B", "AP1S2", "GRPR", "CTPS2", "RBBP7", "REPS2", "PHKA2", "PDHA1", "SH3KBP1", "EIF1AX", "MBTPS2", "SMS", "SAT1", "EIF2S3", "PDK3", "PCYT1B", "POLA1", "NR0B1", "GK", "DMD", "CYBB", "OTC", "BCOR", "MED14", "DDX3X", "CASK", "MAOA", "MAOB", "DUSP21", "CHST7", "NDUFB11", "USP11", "ARAF", "SYN1", "TIMP1", "CFP", "ELK1", "PORCN", "EBP", "WAS", "SUV39H1", "GATA1", "HDAC6", "PQBP1", "PIM2", "OTUD5", "CCNB3", "BMP15", "GSPT2", "MAGED1", "IQSEC2", "SMC1A", "HSD17B10", "HUWE1", "FGD1", "PFKFB1", "APEX2", "ALAS2", "MAGEH1", "UBQLN2", "ARHGEF9", "MSN", "EDA2R", "AR", "OPHN1", "STARD8", "EFNB1", "EDA", "IGBP1", "P2RY4", "ARR3", "ERCC6L", "RPS4X", "CITED1", "HDAC8", "PHKA1", "ABCB7", "UPRT", "COX7B", "PGK1", "TAF9B", "CYSLTR1", "P2RY10", "SH3BGRL", "RPS6KA6", "PCDH11X", "DIAPH2", "RPA4", "CSTF2", "NOX1", "CENPI", "TAF7L", "RPL36A", "GLA", "BEX1", "NGFRAP1", "NRK", "RNF128", "CLDN2", "PRPS1", "PSMD10", "ATG4A", "COL4A6", "COL4A5", "IRS4", "GUCY2F", "ACSL4", "CHRDL1", "PAK3", "CAPN6", "ALG13", "TRPC5", "HTR2C", "IL13RA2", "AGTR2", "KLHL13", "IL13RA1", "SLC25A5", "UPF3B", "NDUFA1", "ATP1B4", "LAMP2", "CUL4B", "C1GALT1C1", "GLUD2", "GRIA3", "THOC2", "STAG2", "SH2D1A", "SMARCA1", "OCRL", "OR13H1", "RAP2C", "HS6ST2", "GPC3", "HPRT1", "SLC9A6", "FHL1", "ARHGEF6", "RBMX", "FGF13", "UBE2NL", "IDS", "MTMR1", "GABRE", "GABRA3", "GABRQ", "CETN2", "ATP2B3", "DUSP9", "BCAP31", "ABCD1", "PLXNB3", "IDH3G", "SSR4", "L1CAM", "AVPR2", "ARHGAP4", "ARD1A", "RENBP", "IRAK1", "TKTL1", "FLNA", "EMD", "RPL10", "TAZ", "ATP6AP1", "GDI1", "PLXNA3", "G6PD", "GAB3", "DKC1", "F8", "VBP1", "TMLHE" ], "rows": 120, "table": true, "tojson": true }, { "name": "samplePatientOutlierMatrix", "title": "Sample patient outlier matrix", "object": "samplePatientOutlierMatrix", "file": "samplePatientOutlierMatrix.rda", "class": [ "matrix", "array" ], "fields": [ "ABCC4", "AOC3", "APBB1IP", "APC", "ATM", "ATP6V1E1", "ATR", "BRCA2", "BTK", "CAST", "CBL", "CHEK2", "COL11A1", "COL3A1", "COL5A1", "CSF3R", "CSNK1E", "CYP27B1", "DDIT3", "DES", "DGKD", "DOCK1", "DTX3", "EGFR", "EPHA3", "EPHA6", "EPHA8", "EPHB1", "ETNK2", "F13A1", "FBXW7", "FGFR1", "FN1", "FOXO3", "GARNL3", "GDF10", "GLI1", "GNAI1", "GSTM5", "HCK", "HLA-E", "HSPA8", "ID3", "INHBE", "IRAK3", "ITGAL", "ITGB2", "ITGB3", "KIT", "KPNA2", "KTN1", "LAMP1", "MAG", "MAP3K6", "MAPK8IP2", "MAPK8IP3", "MAPK9", "MDM2", "MDM4", "MET", "MTAP", "MYCN", "MYLK2", "MYST4", "NRXN3", "OR5P2", "PDGFRA", "PDPK1", "PHLPP", "PIK3C2A", "PIK3C2B", "PIK3C2G", "PPP2R5D", "PRKCA", "PRKD2", "PSMD13", "PTEN", "PTK2B", "RB1", "RUNX1T1", "RYR3", "SLC25A13", "SLC2A2", "SLIT2", "SMAD4", "SPARC", "SPDEF", "SPN", "TAOK3", "TAS1R1", "TBK1", "TGFBR2", "TNC", "TP53", "TRIM3", "TRIP6", "VLDLR", "ABCA13", "ABI1", "ADSSL1", "ALDH1A3", "ANXA1", "ATP1A2", "BCAR1", "CCK", "CCT2", "CD46", "CDH1", "CDKN2A", "CHAT", "CHEK1", "CHRNA3", "CLOCK", "CNTFR", "COL1A1", "CSF1R", "CTDSP2", "CXCL3", "CYP1B1", "DCN", "DLL3", "EP300", "EP400", "EPHA2", "EPHA7", "EPHB4", "EPHB6", "ERBB3", "EXOC1", "FGFR4", "FLT1", "FLT3", "GAS6", "GLI3", "GNAS", "GRLF1", "GRM1", "GYPA", "HGF", "HSP90AA1", "HTR2A", "IFNA21", "ILK", "INSR", "IQGAP1", "ITPR3", "JAG1", "KCNJ16", "KDR", "LRRC4C", "MAN1A1", "MAPK13", "MMP15", "MSH6", "NEFL", "NMBR", "NME7", "NOTCH4", "NTRK2", "PAK7", "PAPPA2", "PDGFRB", "PDK2", "PIK3CA", "PIK3CG", "PIM1", "PMS2", "POU2F1", "PRKCD", "PRNP", "PTCH1", "PTPRZ1", "RAP2A", "ROR2", "RPS6KA3", "SFRP1", "SHH", "SLC16A1", "SNX13", "ST6GAL1", "STAT1", "TAF1", "TCF12", "TEK", "THBS1", "TNFRSF10A", "TNFRSF11B", "TRIM24", "TUSC3", "UNG", "USF1", "WNT2", "A2M", "ABCA1", "ADAM12", "AIFM1", "ARNT", "BAMBI", "BCR", "CAPN3", "CDH23", "CDKN2C", "CENPF", "CHRNA1", "COL1A2", "COL4A1", "COL6A2", "COL6A3", "CTNNB1", "CTSH", "CYLD", "CYP3A4", "DGKZ", "DMBT1", "DSG1", "DSG2", "DSP", "DST", "EPHA4", "ERBB2", "ESR2", "FGFR2", "FGFR3", "FRAP1", "FRZB", "FURIN", "GATA3", "GRM5", "GYPC", "HIPK2", "ICA1", "IDH1", "IQSEC3", "IRS1", "KALRN", "KRAS", "LATS2", "LDHA", "LYN", "MADD", "MAGEA1", "MAPK7", "MLH1", "MME", "MSH2", "NBN", "NDUFA10", "NF1", "NOS3", "NOTCH1", "NTRK1", "NTRK3", "OSMR", "PAPSS2", "PAX5", "PGR", "PIK3R1", "PML", "PRF1", "PRKDC", "PRSS1", "PTPN11", "RELN", "RET", "RGS4", "RPN1", "SEMA3B", "SOCS1", "SRGAP1", "STK36", "TERT", "TNFRSF1B", "TNFRSF25", "TOP1", "TRRAP", "TSC1", "TSC2", "VAV2", "C1QA", "C1QC", "C1QB", "EPHB2", "AOF2", "AHCYL1", "PMF1", "SMG5", "CCT3", "MEF2D", "IQGAP3", "CACNA1S", "PKP1", "ADORA1", "CHIT1", "ATP2B4", "SNRPE", "REN", "KISS1", "NFASC", "CNTN2", "RGS7", "FH", "KMO", "EXO1", "SDCCAG8", "AKT3", "ADSS", "TAF1B", "KLF11", "RRM2", "ODC1", "ATP6V1C2", "PDIA6", "ROCK2", "NTSR2", "LAPTM4A", "SDC1", "RHOB", "SPTBN1", "GALNT13", "TBL1XR1", "KCNMB2", "ZMAT3", "KCNMB3", "GNB4", "ACTL6A", "NDUFB5", "MCCC1", "LAMP3", "B3GNT5", "ABCC5", "EIF2B5", "DVL3", "AP2M1", "ALG3", "ECE2", "PSMD2", "EIF4G1", "POLR2H", "THPO", "CHRD", "EPHB3", "EHHADH", "MAP3K13", "SENP2", "ETV5", "DGKG", "DNAJB11", "AHSG", "HRG", "KNG1", "EIF4A2", "RFC4", "ADIPOQ", "MASP1", "SST", "BCL6", "LPP", "FGF12", "HES1", "GP5", "PCYT1A", "PIGX", "PAK2", "NCBP2", "PIGZ", "DLG1", "BDH1", "RPL35A", "SGCB", "CEP135", "PPAT", "PAICS", "SRP72", "REST", "POLR2B", "TMSL3", "DKK2", "PAPSS1", "SGMS2", "CYP2U1", "HADH", "LEF1", "NDST3", "FKBP5", "CLPS", "MAPK14", "ETV7", "SFRS3", "CDKN1A", "PPIL1", "FGD2", "DNAH8", "GLP1R", "CCND3", "GUCA1A", "GUCA1B", "TBCC", "PDSS2", "SEC63", "NR2E1", "CD164", "SMPD2", "WASF1", "CDC40", "DDO", "AMD1", "REV3L", "PAPOLB", "NDUFA4", "NOD1", "SFRP4", "RALA", "HUS1", "UPP1", "IKZF1", "GRB10", "SEC61G", "PSPH", "CCT6A", "PHKG1", "WBSCR17", "RFC2", "MAGI2", "CD36", "SEMA3C", "CYP51A1", "PEX1", "CDK6", "SMURF1", "CFTR", "WNT16", "METTL2B", "FLNC", "ATP6V1F", "IRF5", "EXOC4", "PRSS2", "TPK1", "CA8", "CDH17", "RAD54B", "TG", "BMPR1A", "EIF3F", "TUB", "KIF18A", "FSHB", "IMMP1L", "PAX6", "WT1", "DEPDC7", "CSTF3", "TRAF6", "RAG1", "RAG2", "ME3", "FZD4", "CTSC", "NOX4", "ATP5L", "ARCN1", "TREH", "DDX6", "TRAPPC4", "HYOU1", "HMBS", "H2AFX", "DPAGT1", "ABCG4", "NLRX1", "USP2", "THY1", "PVRL1", "ARHGEF12", "GRIK4", "SC5DL", "CRTAM", "CACNA1C", "CCND2", "PRICKLE1", "IRAK4", "COL2A1", "SENP1", "PFKM", "OR10AD1", "OR8S1", "LALBA", "CCNT1", "ADCY6", "CACNB3", "SMARCD1", "GPD1", "LIMA1", "BIN2", "GALNT6", "ACVRL1", "ACVR1B", "GRASP", "NR4A1", "ITGA5", "NCKAP1L", "PDE1B", "PPP1R1A", "OR9K2", "OR10A7", "OR6C4", "OR10P1", "ITGA7", "BLOC1S1", "RDH5", "CD63", "GDF11", "SHMT2", "NDUFA4L2", "INHBC", "ARHGAP9", "MARS", "DCTN2", "PIP4K2C", "B4GALNT1", "OS9", "CDK4", "SLC16A7", "AVPR1A", "GNS", "WIF1", "IFNG", "IL26", "IL22", "RAP1B", "NUP107", "LYZ", "FRS2", "CNOT2", "KCNMB4", "PTPRB", "PTPRR", "TPH2", "CEP290", "AMDHD1", "HAL", "LTA4H", "SLC10A2", "TFDP1", "ATP4B", "RHOJ", "AKT1", "OR4N4", "OR4M2", "NFATC1", "CTDP1", "TXNL4A", "CREB3L3", "EBI3", "SH3GL1", "CHAF1A", "CCNE1", "ALG12", "MLC1", "PANX2", "TUBGCP6", "HDAC10", "MAPK12", "ISG15", "AGRN", "TNFRSF18", "TNFRSF4", "B3GALT6", "UBE2J2", "TAS1R3", "DVL1", "AURKAIP1", "CDC2L2", "NADK", "GNB1", "CALML6", "GABRD", "SKI", "PEX10", "PANK4", "HES5", "TNFRSF14", "ARHGEF16", "RPL22", "ACOT7", "PLEKHG5", "VAMP3", "PER3", "TNFRSF9", "PARK7", "ENO1", "CA6", "H6PD", "PIK3CD", "CTNNBIP1", "NMNAT1", "UBE4B", "PGD", "APITD1", "DFFA", "PEX14", "MASP2", "SRM", "EXOSC10", "FBXO2", "FBXO6", "MAD2L2", "MTHFR", "NPPA", "NPPB", "PLOD1", "TNFRSF8", "CASP9", "AGMAT", "SPEN", "ZBTB17", "CLCNKB", "HTR1D", "HNRNPR", "E2F2", "RPL11", "TCEB3", "LYPLA2", "GALE", "HMGCL", "FUCA1", "CNR2", "SRRM1", "RUNX3", "MAN1C1", "WASF2", "FGR", "COL16A1", "PTP4A2", "FAF1", "JAK1", "GSTM2", "GSTM1", "NRXN1", "SPR", "HDAC4", "DAG1", "MST1", "GMPPB", "MST1R", "RBM5", "SEMA3F", "GNAT1", "SLC38A3", "GNAI2", "HYAL3", "HYAL1", "HYAL2", "RASSF1", "CACNA2D2", "PARP3", "ACY1", "DUSP7", "ALAS1", "TLR9", "GLYCTK", "DNAH1", "SEMA3G", "TNNC1", "SPCS1", "RFT1", "TKT", "CLDN1", "CLDN16", "IL1RAP", "EPHA5", "CENPC1", "GNRHR", "UGT2B17", "UGT2B28", "SULT1E1", "CSN2", "STATH", "HTN1", "MUC7", "GRSF1", "DCK", "SLC4A4", "GC", "NPFFR2", "PPP3CA", "NFKB1", "MANBA", "UBE2D3", "BDH2", "CENPE", "TACR3", "CXXC4", "PPA2", "SCYE1", "AMACR", "PRLR", "PPAP2A", "HSP90AB1", "NFKBIE", "AARS2", "PARK2", "PTPRN2", "PSD3", "JAK2", "IFNB1", "IFNW1", "IFNA14", "IFNA7", "IFNA10", "IFNA16", "IFNA17", "IFNA5", "KLHL9", "IFNA6", "IFNA2", "IFNA8", "IFNA1", "CDKN2B", "PLAA", "IFNK", "ACO1", "ABL1", "LAMC3", "WDR5", "RXRA", "GPSM1", "CARD9", "SNAPC4", "INPP5E", "AGPAT2", "PHPT1", "TRAF2", "C8G", "ABCA2", "FUT7", "ENTPD2", "UAP1L1", "MAN1B1", "GRIN1", "ANAPC2", "SSNA1", "TUBB2C", "ENTPD8", "EHMT1", "CACNA1B", "DNAJC1", "GAD2", "PPYR1", "CTNNA3", "LIPF", "ACTA2", "FAS", "CH25H", "LIPA", "PANK1", "LDB1", "NOLC1", "GBF1", "PTPRE", "INPP5A", "TUBGCP2", "ECHS1", "PAOX", "KCNQ1", "OR51A4", "OR51A2", "OR52N5", "FANCF", "GAS2", "OR4P4", "OR4S2", "OR4C6", "RAD52", "ERC1", "WNT5B", "ADIPOR2", "CACNA2D4", "DCP1B", "FGF23", "FGF6", "NDUFA9", "GALNT8", "NTF3", "VWF", "CD9", "TNFRSF1A", "SCNN1A", "LTBR", "CD27", "VAMP1", "NCAPD2", "GAPDH", "CHD4", "CD4", "GNB3", "TPI1", "ENO2", "PTPN6", "C1S", "PEX5", "APOBEC1", "GDF3", "SLC2A14", "C3AR1", "AICDA", "M6PR", "KLRG1", "KLRB1", "CLEC7A", "OLR1", "KLRD1", "KLRK1", "KLRC4", "KLRC3", "KLRC2", "KLRC1", "CSDA", "TAS2R7", "TAS2R8", "TAS2R9", "TAS2R10", "TAS2R13", "TAS2R14", "TAS2R50", "TAS2R42", "PRB1", "ETV6", "LRP6", "DUSP16", "CDKN1B", "GRIN2B", "GUCY2C", "HIST4H4", "H2AFJ", "WBP11", "ARHGDIB", "PDE6H", "PTPRO", "EPS8", "STRAP", "DERA", "MGST1", "PLCZ1", "PDE3A", "SLCO1B3", "SLCO1B1", "SLCO1A2", "IAPP", "GYS2", "LDHB", "ABCC9", "CMAS", "ST8SIA1", "ETNK1", "BCAT1", "ITPR2", "PTHLH", "FGD4", "DNM1L", "YARS2", "PKP2", "ALG10", "ALG10B", "ABCD2", "LRRK2", "CNTN1", "RAPGEF3", "VDR", "DDX23", "RND1", "WNT10B", "WNT1", "PRKAG1", "DHH", "TUBA1B", "TUBA1A", "TUBA1C", "PRPH", "AQP2", "AQP5", "PARP4", "CYSLTR2", "PCDH17", "DIAPH3", "PCDH9", "DIS3", "TBC1D4", "LMO7", "CLN5", "FBXL3", "EDNRB", "SPRY2", "OR4K2", "OR4K5", "OR4K1", "DNAJA3", "NAGPA", "PHKB", "CDH13", "OMG", "RAB11FIP4", "PSMB3", "GRB7", "IKZF3", "CDH2", "CDH20", "PIGN", "GPI", "CD22", "GAPDHS", "ATP4A", "COX6B1", "PSENEN", "SNX26", "PRODH2", "HCST", "TYROBP", "POLR2I", "TBCB", "CAPNS1", "COX7A1", "PPP1R14A", "PSMD8", "RASGRP4", "RYR1", "MAP4K1", "EIF3K", "ACTN4", "ECH1", "HNRNPL", "SIRT2", "NFKBIB", "SARS2", "PAK4", "IL28B", "IL28A", "IL29", "PLEKHG2", "SUPT5H", "TGFB1", "B9D2", "BCL3", "CBLC", "PVRL2", "TOMM40", "APOE", "APOC2", "RELB", "GEMIN7", "CKM", "KLC3", "ERCC2", "PPP1R13L", "ERCC1", "FOSB", "VASP", "GIPR", "SNRPD2", "SYMPK", "FOXA3", "HIF3A", "PPP5C", "CALM3", "PTGIR", "GNG8", "AP2S1", "SAE1", "BBC3", "C5AR1", "SLC8A2", "EHD2", "ELSPBP1", "LIG1", "CARD8", "KDELR1", "GRIN2D", "SULT2B1", "RPL18", "SPHK2", "FUT2", "FUT1", "FGF21", "BCAT2", "PPP1R15A", "DHDH", "BAX", "FTL", "GYS1", "LHB", "CD37", "SLC17A7", "FLT3LG", "RPL13A", "NOSIP", "RRAS", "IRF3", "PRMT1", "CPT1C", "AP2A1", "MED25", "AKT1S1", "IL4I1", "NUP62", "ATF5", "PRKCG", "CACNG7", "CACNG8", "CACNG6", "NDUFA3", "PRPF31", "CNOT3", "CDH4", "NTSR1", "COL9A3", "COMT", "DGCR8", "RANBP1", "RTN4R", "UBE2L3", "PPIL2", "MPST", "IL2RB", "SSTR3", "RAC2", "MFNG", "MICALL1", "POLR2F", "SLC16A8", "PLA2G6", "MAFF", "KDELR3", "DNAL4", "APOBEC3G", "PDGFB", "RPL3", "MAP3K7IP1", "MGAT3", "ATF4", "CACNA1I", "RANGAP1", "PHF5A", "POLR3H", "PMM1", "XRCC6", "NHP2L1", "TNFRSF13C", "CENPM", "NAGA", "NDUFA6", "CYP2D6", "BIK", "MCAT", "TSPO", "PNPLA3", "PARVB", "PARVG", "NUP50", "SMC1B", "WNT7B", "PPARA", "GTSE1", "CELSR1", "CERK", "PRKX", "NLGN4X", "STS", "PNPLA4", "TBL1X", "MID1", "HCCS", "ARHGAP6", "TLR8", "OFD1", "GLRA2", "PIGA", "FIGF", "PIR", "BMX", "ACE2", "CA5B", "AP1S2", "GRPR", "CTPS2", "RBBP7", "REPS2", "PHKA2", "PDHA1", "SH3KBP1", "EIF1AX", "MBTPS2", "SMS", "SAT1", "EIF2S3", "PDK3", "PCYT1B", "POLA1", "NR0B1", "GK", "DMD", "CYBB", "OTC", "BCOR", "MED14", "DDX3X", "CASK", "MAOA", "MAOB", "DUSP21", "CHST7", "NDUFB11", "USP11", "ARAF", "SYN1", "TIMP1", "CFP", "ELK1", "PORCN", "EBP", "WAS", "SUV39H1", "GATA1", "HDAC6", "PQBP1", "PIM2", "OTUD5", "CCNB3", "BMP15", "GSPT2", "MAGED1", "IQSEC2", "SMC1A", "HSD17B10", "HUWE1", "FGD1", "PFKFB1", "APEX2", "ALAS2", "MAGEH1", "UBQLN2", "ARHGEF9", "MSN", "EDA2R", "AR", "OPHN1", "STARD8", "EFNB1", "EDA", "IGBP1", "P2RY4", "ARR3", "ERCC6L", "RPS4X", "CITED1", "HDAC8", "PHKA1", "ABCB7", "UPRT", "COX7B", "PGK1", "TAF9B", "CYSLTR1", "P2RY10", "SH3BGRL", "RPS6KA6", "PCDH11X", "DIAPH2", "RPA4", "CSTF2", "NOX1", "CENPI", "TAF7L", "RPL36A", "GLA", "BEX1", "NGFRAP1", "NRK", "RNF128", "CLDN2", "PRPS1", "PSMD10", "ATG4A", "COL4A6", "COL4A5", "IRS4", "GUCY2F", "ACSL4", "CHRDL1", "PAK3", "CAPN6", "ALG13", "TRPC5", "HTR2C", "IL13RA2", "AGTR2", "KLHL13", "IL13RA1", "SLC25A5", "UPF3B", "NDUFA1", "ATP1B4", "LAMP2", "CUL4B", "C1GALT1C1", "GLUD2", "GRIA3", "THOC2", "STAG2", "SH2D1A", "SMARCA1", "OCRL", "OR13H1", "RAP2C", "HS6ST2", "GPC3", "HPRT1", "SLC9A6", "FHL1", "ARHGEF6", "RBMX", "FGF13", "UBE2NL", "IDS", "MTMR1", "GABRE", "GABRA3", "GABRQ", "CETN2", "ATP2B3", "DUSP9", "BCAP31", "ABCD1", "PLXNB3", "IDH3G", "SSR4", "L1CAM", "AVPR2", "ARHGAP4", "ARD1A", "RENBP", "IRAK1", "TKTL1", "FLNA", "EMD", "RPL10", "TAZ", "ATP6AP1", "GDI1", "PLXNA3", "G6PD", "GAB3", "DKC1", "F8", "VBP1", "TMLHE" ], "rows": 200, "table": true, "tojson": true }, { "name": "sampleRandomDriversResult", "title": "Sample Result from computeRandomizedResult", "object": "sampleRandomDriversResult", "file": "sampleRandomDriversResult.rda", "class": [ "list" ], "fields": [], "table": false, "tojson": true } ], "_help": [ { "page": "DriverNet-package", "title": "Drivernet: uncovering somatic driver mutations modulating transcriptional networks in cancer", "topics": [ "DriverNet-package", "DriverNet" ] }, { "page": "actualEvents", "title": "Actual events covered by driver mutations", "topics": [ "actualEvents" ] }, { "page": "computeDrivers", "title": "Compute a list of driver mutations", "topics": [ "computeDrivers" ] }, { "page": "computeRandomizedResult", "title": "Randomly compute lists of driver mutations", "topics": [ "computeRandomizedResult" ] }, { "page": "DriverNetResult-class", "title": "Class '\"DriverNetResult\"'", "topics": [ "actualEvents,DriverNetResult-method", "DriverNetResult-class", "drivers,DriverNetResult-method", "totalEvents,DriverNetResult-method" ] }, { "page": "drivers", "title": "List of driver mutations identified by DriverNet", "topics": [ "drivers" ] }, { "page": "getPatientOutlierMatrix", "title": "Compute the patient outlier matrix", "topics": [ "getPatientOutlierMatrix" ] }, { "page": "preprocessMatrices", "title": "Remove unnecessary entries from matrices", "topics": [ "preprocessMatrices" ] }, { "page": "resultSummary", "title": "Summarize result for drivers ranking.", "topics": [ "resultSummary" ] }, { "page": "sampleDriversList", "title": "Sample DriverNet result", "topics": [ "sampleDriversList" ] }, { "page": "sampleGeneNames", "title": "Sample gene names", "topics": [ "sampleGeneNames" ] }, { "page": "sampleInfluenceGraph", "title": "Sample influence graph", "topics": [ "sampleInfluenceGraph" ] }, { "page": "samplePatientExpressionMatrix", "title": "Sample patient expression matrix", "topics": [ "samplePatientExpressionMatrix" ] }, { "page": "samplePatientMutationMatrix", "title": "Sample patient mutation matrix", "topics": [ "samplePatientMutationMatrix" ] }, { "page": "samplePatientOutlierMatrix", "title": "Sample patient outlier matrix", "topics": [ "samplePatientOutlierMatrix" ] }, { "page": "sampleRandomDriversResult", "title": "Sample Result from computeRandomizedResult", "topics": [ "sampleRandomDriversResult" ] }, { "page": "totalEvents", "title": "Total number of events in the data", "topics": [ "totalEvents" ] } ], "_rundeps": [], "_vignettes": [ { "source": "DriverNet-Overview.Rnw", "filename": "DriverNet-Overview.pdf", "title": "An introduction to DriverNet", "engine": "utils::Sweave", "headings": [], "created": "2013-11-01 20:27:59", "modified": "2013-11-01 20:27:59", "commits": 1 } ], "_score": 4.342422680822207, "_indexed": true, "_nocasepkg": "drivernet", "_universes": [ "bioc" ], "_binaries": [ { "r": "4.7.0", "os": "linux", "version": "1.53.0", "date": "2026-05-30T08:38:09.000Z", "distro": "noble", "commit": "31b204b44392329ded43a2b70707410254e3ae58", "fileid": "f77754668a4867385e6234aeee84103e9e3bc4d2f68a54bb6df35532dabc7c1d", "status": "success", "check": "NOTE", "buildurl": "https://github.com/r-universe/bioc/actions/runs/26679335315" }, { "r": "4.6.0", "os": "linux", "version": "1.53.0", "date": "2026-05-30T08:39:08.000Z", "distro": "noble", "commit": "31b204b44392329ded43a2b70707410254e3ae58", "fileid": "b212a50df6368cdb741c852674ff7630394e389f51a117251acff166b5829dde", "status": "success", "check": "NOTE", "buildurl": "https://github.com/r-universe/bioc/actions/runs/26679335315" }, { "r": "4.5.3", "os": "mac", "version": "1.53.0", "date": "2026-05-30T12:05:43.000Z", "commit": "31b204b44392329ded43a2b70707410254e3ae58", "fileid": "368d376410351ddc87c37048cd10300b4fe12967537bf793a93f16ebbf5175fa", "status": "success", "check": "NOTE", "buildurl": "https://github.com/r-universe/bioc/actions/runs/26679335315" }, { "r": "4.6.0", "os": "mac", "version": "1.53.0", "date": "2026-05-30T12:05:52.000Z", "commit": "31b204b44392329ded43a2b70707410254e3ae58", "fileid": "83003710021b95e986c3a4645c12b9d3fdb4b57599b8158b4893c8f95821c389", "status": "success", "check": "NOTE", "buildurl": "https://github.com/r-universe/bioc/actions/runs/26679335315" }, { "r": "4.6.0", "os": "wasm", "version": "1.53.0", "date": "2026-05-30T08:37:32.000Z", "commit": "31b204b44392329ded43a2b70707410254e3ae58", "fileid": "99608f77fd25c0ee12f008cf59864d3701987806aaece3c0b19448ba34ca18c5", "status": "success", "buildurl": "https://github.com/r-universe/bioc/actions/runs/26679335315" }, { "r": "4.7.0", "os": "win", "version": "1.53.0", "date": "2026-05-30T08:37:11.000Z", "commit": "31b204b44392329ded43a2b70707410254e3ae58", "fileid": "ed8a9a9f12140e9fbd85544f33722154a16ea3624439b2c48751d1fe9599ca8d", "status": "success", "check": "NOTE", "buildurl": "https://github.com/r-universe/bioc/actions/runs/26679335315" }, { "r": "4.5.3", "os": "win", "version": "1.53.0", "date": "2026-05-30T08:36:54.000Z", "commit": "31b204b44392329ded43a2b70707410254e3ae58", "fileid": "3848d44d64aeed4aa429e9a650f3dce31ca6be48cf58bdcbf89f61b7473ce62e", "status": "success", "check": "NOTE", "buildurl": "https://github.com/r-universe/bioc/actions/runs/26679335315" }, { "r": "4.6.0", "os": "win", "version": "1.53.0", "date": "2026-05-30T08:36:51.000Z", "commit": "31b204b44392329ded43a2b70707410254e3ae58", "fileid": "435c596d09ed87542aaf570471ac44f53f6d16780a546d1e4b54b12fe4c7513b", "status": "success", "check": "NOTE", "buildurl": "https://github.com/r-universe/bioc/actions/runs/26679335315" } ] }